Der Verein FSU e.V. ist Träger der Freien Schule. Die Mitglieder bestehen aus Freunden und Freundinnen der FSU, sowie Eltern, die mit der Aufnahme an der Schule auch Mitglied im Verein werden.
Seine Zielsetzung und Aufgaben ergeben sich inhaltlich aus dem jeweils geltenden pädagogischen Konzept. Der Verein hat sich eine Satzung gegeben, die die Rechte und Pflichten von Mitgliederversammlung und Vorstandsmitgliedern regelt. Sie legt außerdem die finanziellen und organisatorischen Bedingungen für die Aufrechterhaltung des Schulbetriebs fest.
Der, auf einer Mitgliederversammlung gewählte, ehrenamtliche Vorstand übernimmt für 2 Jahre die Führung der laufenden Geschäfte der FSU (z.B. Personaleinstellungen, Antragsstellungen, Elterngespräche etc.)